76 สโมสรที่ได้เข้าร่วมในการแข่งขันยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก ฤดูกาล 2008–09 จาก 52 ชาติสมาชิกยูฟ่า (ยกเว้นลิกเตนสไตน์ ซึ่งไม่ได้จัดการแข่งขันลีก) โดยจะจัดอันดับแต่ละประเทศสำหรับจำนวนของสโมสรที่จะได้เข้าร่วมการแข่งขัน ดังนี้

• สมาคมอันดับที่ 1–3 จะได้สโมสรเข้าร่วมการแข่งขัน 4 สโมสร
• สมาคมอันดับที่ 4–6 จะได้สโมสรเข้าร่วมการแข่งขัน 3 สโมสร
• สมาคมอันดับที่ 7–15 จะได้สโมสรเข้าร่วมการแข่งขัน 2 สโมสร
• สมาคมอันดับที่ 16–53 (ยกเว้นลิกเตนสไตน์) จะได้สโมสรเข้าร่วมการแข่งขัน 1 สโมสร

การจัดอันดับตามสมาคมฟุตบอล

การแข่งขันยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก ฤดูกาล 2008–09 จัดตามการจัดอันดับค่าสัมประสิทธิ์ยูฟ่า ในปี พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2007) ซึ่งคำนวณจากการแข่งขันตั้งแต่ฤดูกาล 2002–03 ถึง 2006–07.[1]